Родился и вырос в Муравленко. Срочную службу проходил в автомобильной роте батальона обеспечения главного военного госпиталя войск нацгвардии.
В 2020 году устроился на работу помощником бурильщика эксплуатационного и разведочного бурения скважин. В 2022-м стал оператором технологических установок.
В сентябре 2022 года попал под частичную мобилизацию. Служил стрелком в батальоне «Кедр», в/ч № 69457 (вторая рота, четвертый взвод, первое отделение). Ему дали позывной «Барби».
Зарекомендовал себя смелым, честным, справедливым бойцом. Участвовал в благотворительных акциях, посещал детские дома в Енакиево, передавал гуманитарную помощь воспитанникам.
В январе 2024-го был переведен в 15-ю отдельную гвардейскую мотострелковую бригаду «Черные гусары», в/ч № 90600, отряд «Шторм». 6 января ушел на боевое задание в районе Красногоровки ДНР. Некоторое время числился пропавшим без вести.
Никиту Гнатенко похоронили 13 октября 2024 года в Муравленко. При жизни его наградили медалью «За воинскую доблесть» II степени, посмертно – орденом Мужества.
В Муравленко у Никиты Сергеевича остались жена, два маленьких сына и родители.